参考になる人もいるかもしれないので書いておきます。
2013年5月に 3DS LL を購入したのですが 体験版を落としまくっていたら容量が足りなくなったのと すれちがい合戦がエラーでよく落ちるので SD カードを交換することにしました。
交換する SD カードは 任天堂のサイトに動作確認済みのリストが載っていたので Lexar SDHCカード Class10 UHS-I 32GB を Amazon で購入しました。(写真右側)
最初から入っていた SD カードも 買ったのと同じ Lexar の class4 4G でした。(写真左側)
カードの交換は 簡単で、SD カードの中身を パソコン上で、一旦どこかに置いて、そのままそれを新しいカードに 書き込むだけです。
3DS を起動すると ブロック数が かなり増えていました。
また class4 から class10 になったおかげなのか 3DS で 写真を撮った後のカクカクが無くなりました。 ロードも気持ち早くなったような気がします。
ただ すれちがい合戦が落ちるのは改善されませんでした…。